Ingénieur en Bioinformatique

INGENIEUR.E EN BIOINFORMATIQUE F/H. Description du poste. Métier: Ingénieur - Etudes - Données en recherche clinique. Type de contrat: Titulaire ou CDD. Rémunération: selon les grilles de l'AP-HP. Service d'affectation: Laboratoire Central d'Hématologie. Présentation du service: L’hôpital Saint-Louis et son Institut Hospitalo-Universitaire THEMA « Centre National de Médecine de Précision sur les Leucémies » est le premier centre européen pour les hémopathies malignes (https://www.institut-leucemie.fr/). Le laboratoire d’Hématologie de l’hôpital Saint-Louis occupe une place centrale dans le diagnostic et le suivi des patients, ainsi que dans la recherche clinique et translationnelle sur les maladies du sang. Le laboratoire d’hématologie est à l’interface entre le soin et la recherche. En effet, les analyses cellulaires et moléculaires permettant de caractériser les leucémies et les syndromes pré-leucémiques, de rechercher des prédispositions génétiques à ces maladies et d’évaluer la réponse au traitement. De plus, le laboratoire continue de développer des approches innovantes d’analyse génomique et mener des travaux de recherche translationnels sur des échantillons de patients afin de progresser dans la compréhension et le traitement de ces maladies. Vos missions: Mission Générale : Contribuer aux activités de soin et de recherche translationnelle du laboratoire en participant à l’archivage des données brutes générées par les différents secteurs, au développement de pipeline d’analyse et à la structuration des résultats dans des bases de données interopérables pour les biologistes du laboratoire d’hématologie et la recherche. Missions détaillées : - Participer à l’archivage des données générées par le laboratoire (par exemple : données de cytométrie en flux, données de séquençage). - Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données générées par le laboratoire (par exemple : données de séquençage capture, données de RNA-seq) et travailler en collaboration avec la plateforme de bio-informatique de l’APHP MOABI. - Former les ingénieur.es et technicien.nes du laboratoire au lancement de ces analyses. - Rédiger des protocoles d’utilisation des outils développés et de la gestion documentaire relative à la qualité. - Participer à la mise en place d’une base de données interopérable des résultats des données de soins générées par le laboratoire pour permettre leur utilisation par les biologistes du laboratoire. Profil recherché: Profil : Niveau I (BAC+4/+5). Avoir des connaissances approfondies, théoriques et pratiques, en analyses courantes bio-informatique en génomique et dans la gestion de bases de données. Expérience professionnelle souhaitée dans le milieu hospitalier ou la recherche en biologie. Compétences/savoir-faire requis : - Bonne maitrise des langages de programmation R, Python, Bash - Utilisation de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow) - Utilisation des systèmes d’exploitation Linux et de la compilation de logiciels - Expérience dans les principales analyses bio-informatique en santé (variant calling, RNA-seq) - Expérience dans la gestion de bases de données. Connaissances requises : - Connaissances générales en médecine et en biologie, en particulier en génomique - Connaissances générales en statistiques - Maîtrise de l’anglais écrit. Qualités professionnelles requises : - Grande rigueur dans le traitement des données - Capacité d’organisation et d’initiative - Apprécier le travail en équipe - Motivation et dynamisme apprendre et développer de nouvelles compétences. Schéma horaire: Jour. Temps de travail: 7h30. Horaires de travail: 7h30 - sur une plage horaire de 8h00 à 18h00. Télétravail: Oui. Vos avantages à l'AP-HP: Part variable recherche (PVR) : Prime qui peut être attribuée annuellement par la direction après une année civile de service continu en tant que personnel de recherche à l’AP-HP sous réserve d’une évaluation annuelle positive des résultats obtenus dans la fonction. Progression salariale conformément aux grilles de rémunération, sous réserve d’une évaluation annuelle positive des résultats obtenus dans la fonction. Prestation AGOSPAP : accès à une offre de loisirs (spectacle, cinéma…) et de vacances à tarifs préférentiels + diverses aides financières (CDD sur poste permanent uniquement). Accès à une offre multiple de formation continue. Droit aux absences pour enfant malade. Langues: [Anglais]. Niveau: [2- Niveau avancé]. Description de l'hôpital: Situé à Paris (10è arrondissement), l'hôpital Saint-Louis est reconnu au plan national et international en hématologie, dermatologie, cancérologie, infectiologie ainsi que dans le domaine des greffes d'organe et de moelle osseuse. Il possède également une expertise de haut niveau en chirurgie digestive, urologique et plastique. Il assure la prise en charge des grands brûlés en qualité de centre de recours régional.