Bioinformaticien Agents Infectieux, spécialisé en analyse de génomes bactériens

Le service créé en novembre 2021 se compose de 4 entités : 1/ UF de Bactériologie-Hygiène automatisée et Moléculaireà St Louis 2/ UF d'Urgences Microbiologiques à Lariboisière 3/ Un Centre National de Référence des IST bactériennes Depuis 2017, le Laboratoire Associé au CNR des IST bactériennes est situé à St Louis avec une expertise gonocoque. Des enquêtes de surveillance nationales et européennes annuelles de résistance du gonocoque EnGON sont effectuées. La collection du CNR a été centralisée à St Louis et comporte maintenant les souches isolées entre 2008 et 2021 soit 13100 souches nationales et internationales. Sur la mandature 2017-2021, le laboratoire de St Louis a reçu 2400 souches de gonocoques et 3000 prélèvements PCR positifs pour expertise. Le service a été reconduit en tant que CNR sur la mandature 2023-2027. Le CNR bénéficie des infrastructures du plateau technique transversal des Agents Infectieux implanté à SLS où l’équipe de bactériologie effectue le séquençage des génomes complets. Dans le cadre de la recherche, le circuit de prise en charge des gonocoques pour le séquençage NGS est effectué à St Louis. L’analyse des séquences NGS est effectuée sur la plateforme Moabi Multi Omics Analysis & BIoInformatic de l’APHP. Les outils utilisés pour l’analyse après assemblage des séquences sont les logiciels installés sur la plateforme Galaxie / Moabi avec accès G-Route: Velvet, Spade, ParSNP, Mafftvisualisé avec iTOL, RAxML.